Verimli topraklar, uygun iklim, Marmara ve Ege denizlerine kıyısı olması gibi özellikleriyle batı Anadolu bölgesi, tarih boyunca pek çok uygarlığa ev sahipliği yapmıştır. Yapılan yüzey araştırmaları neticesinde Balıkesir yöresinin tarih öncesi dönemde özellikle Kalkolitik çağın sonlarında Balkanlardan gelen göçmenlerin yerleşimine sahne olduğu anlaşılmaktadır.1 Tunç Çağında ise bölgenin Troia kültürünün etki alanı içinde bulunduğu bilinmektedir.2 Bu döneme ait en önemli tarih öncesi buluntu yerleri Balıkesir çevresindeki Yortan, Babaeski ve Ovabayındır mezarlıklarıdır.3

Kentin bilinen ilk sakinleri Mizi ya da Misi ismiyle anılan Misyalılardır.. Bölgeye isimlerini veren Misi’ler Frigler’le aynı kökten olup beyaz ırkın önemli bir kısmını teşkil eden Aryan kısmının Pelaj şubesine mensupturlar. Pelajlar’ın tarımda oldukça ileri oldukları bilinmektedir.4 Bağımsız bir devlet kuramayan Misyalılar, Hitit, Frig, Pers, Büyük İskender ve Bergama Krallığı egemenliği altında yaşamışlardır.

Bölge Hitit İmparatorluğu döneminde ise Assua olarak adlandırılmıştır. Muhtemelen M.Ö. 1200 yıllarında ortaya çıkan ve Troia’nın yıkılması ile başlayan deniz kavimleri göçüyle bölgeye Thrak boyları yerleşmiştir.5 Demir çağı olarak bilinen bu dönemin ortalarında hâkimiyet Lidya Devleti’nin elinde bulunmaktaydı. Aynı dönem içinde ise kıyı bölgeler Grekler tarafından kolonize edilmişti.6 M.Ö. IV. Yüzyıldan itibaren bölge Pers istilasına uğramıştır. Bu dönemde Misyalılar sık sık ağır vergiler nedeniyle isyan etmişlerdir. Pers hükümdarı III. Darius tarafından Pergamon ( Bergama) satraplığına bağlanan bölge, M.Ö. 334 yılından sonra ise Büyük İskender’in yani Makedonya Krallığı`nın egemenliği altına girmiştir.

Bu dönemde Balıkesir ili ve çevresi Mysia bölgesi olarak anılmaya başladı.7 Balıkesir Misya olarak adlandırılan bu bölgenin Küçük Asya kısmında yer almaktadır. Başlıca yerleşim yerleri ise, Sizik (Belkız), Lampeseak (Lâpseki), Pekot (Pergos), Miyopolis (Mihaliç), Artema (Gönen), Jaleya ( Sarıköy), Artas (Erdek) ve Panarmos (Bandırma) dur.

Büyük İskender’in ölümü üzerine Bergama Krallığı hâkimiyetinde kalan bölge daha sonra Roma İmparatorluğu`nun Anadolu’daki ilk eyaleti olan Asia Minör’e (Küçük Asya) bağlanmıştır. Balıkesir bu dönemde kent kimliği kazanmıştır. İmparator Hadrianus’un (M.Ö. 117–138)Apias Pediun’da (Balıkesir ovası) geçirdiği başarılı bir ayı avı sonrası, bu av anısına bir kent kurulmasını emretti. Kurulan kente İmparatorun ismine atfen Hdrianoutheria (Balıkesir) adı kondu.8 Kent kuruluşu sonrası kısa sürede sikke darbı gerçekleştirildi.9
M.S. 395’de Roma imparatorluğunun ikiye ayrılmasıyla kentin idaresi Doğu Roma yani Bizans’a geçti. Bu dönemde kent piskoposluk merkezi haline gelmiştir.

Fethedilmesi H.z. Muhammed(s.a.v) tarafından müjdelenen başkent Konstantiniye ‘yi (İstanbul) almak için yola çıkan Halife Muaviye döneminde bölge ilk kez İslamiyet ile tanışmış, M.S 670–678 arası Arap idaresinde kaldıysa da Bizans tekrar şehri kontrolü altına almıştır.

1071 Malazgirt Savaşı ile birlikte Büyük Selçuklu Devleti tarafından ilk kez Anadolu kapıları Türkler`e açılmıştır. Hükümdar Melikşah, Kutalmış oğlu Süleyman Bey’e Anadolu Sultanı unvanını vermiştir.(1077). İznik’i kendisine merkez seçen Süleyman Bey döneminde Sizik ve Aydıncık’a kadar ilerlenmişse de 1099 da haçlı seferi sonucunda Selçuklular batı Anadolu’dan çekilmek zorunda kalmışlardır. Bizans, tekrar bölgeye hâkim olmuş, buradaki Türker’e karşı toplu kıyım harekâtına başlamıştır.

Arkası kesilmeyen Türkmen akınları, özellikle 1243 Kösedağ savaşı sonrasında oluşan Moğol baskısıyla Batı Anadolu tekrar Türk egemenliğine girmiş; Selçuklu Devleti ise zayıflayarak otoritesini yitirmeye başlamıştır. Bu esnada Balıkesir ve çevresine beraberindeki büyük bir Türkmen grubu ile gelen Karesi(Kara İsa) Bey bağımsızlığını ilan ederek Karesi Beyliği’ni kurmuştur(1296). Karesi Bey, Anadolu Selçuklu Devleti’nin nüfuzlu komutanlarından olup, bölge bu tarihten sonra onun ismiyle anılmaya başlamıştır.10

Karesi Bey döneminde yapılanlar bununla da sınırlı kalmamıştır. Sinop civarında yerleşen Sarı Saltuk kumandasındaki 20.000 kişilik Türkmen aşireti iskân ettirilip Hristiyan nüfusa üstünlük sağlanmıştır. Ayrıca kuvvetli bir donanma hazırlanarak zaman zaman Rumeli’ye seferler düzenlenmiştir.11

Karesi Bey’in vefatından sonra beyliğinin beyliğin başına Aclan Bey geçmiştir. Bu dönemde Karesi Beyliğinin deniz gücü Osmanlı Beyliğinden daha güçlü durumdaydı. Aclan Bey zamanında Osmanlı Beyliği ile iyi münasebetler kurulmuştur. Hatta oğul Dursun Bey, eğitim için Bursa’ya Orhan Gazi’nin yanına gönderilmiştir. Aclan Beyden sonra beyliğin başına en büyük oğlu Demirhan Bey geçmiştir. Balıkesirde bulunan Demirhan Bey hükümdarlığı döneminde halka karşı zulüm derecesine varan kötü davranışlar sergilemiştir.

Bu dönemde kente gelen Seyyah İbni Batuta, Demirhan Bey’in kimseye faydası olmayan biri olduğunu söylemiştir. Batuta, seyahatnamesinde kenti , kalabalık nüfuslu, geniş yolları olan, renkli ve güzel çarşılı bir şehir olarak tasvir etmiştir.12Ayrıca burada bir cami bulunmayıp, halkın Cuma namazlarını açık alanda namazgâhta kıldığından bahsetmiştir.

Demirhan Bey’den şikâyetçi olan halk ve beyliğin ileri gelenleri; Bursa’daki Dursun Bey’i kente davet ettiler.1345 yılında Orhan Gazi ile şehre gelen Dursun Bey, geleceğini haber alıp Bergama Kalesi’ne sığınan ağabeyi Demirhan tarafından öldürülmüştür. Bu duruma çok üzülen Orhan Gazi, halkın ileri gelenlerinin isteği üzerine Karesi Beyliği topraklarını Osmanlı’ya kattı.13Orhan Gazi, Karesi’yi merkeze bağlı sancak haline getirip oğlu Şehzade Süleyman’ı buraya sancak beyi olarak tayin etmiştir.

Kuruluş aşamasındaki Osmanlı Devleti, Karesi Beyliğinin askeri gücünün yanı sıra özellikle güçlü donanmasıyla gücüne güç katmıştır. Ayrıca; Evrenos, Hacı ilbey, Ece Halil ve Gazi Fazıl Beylerle değerli komutanlar da kazanmışlardır. Tüm bu gelişmeler sonucu Rumelide Çimpe Kalesi, Tekirdağ, Çorlu ve Gelibolu tarafları alınmıştır. Ele geçirilen bu bölgelerde emniyeti tesis edip, tükleşmesini ve islamlaşmasını sağlamak için genellikle Karesiden gönderilen Türkler; Serez, Selanik, Drama, Kavala gibi muhtelif yerlere yerleştirilmişlerdir. “Evlad-ı Fatihan” (Fatihlerin Çocukları-Nesli) adıyla anılan bu Türk nüfus -en azından hayatta kalanları- bu toprakların elden çıkması ve Yunanistan ile yapılan mübadeleye kadar bölgede kalmışlardır.14

1402 Ankara Savaşı sonrası Timurun Anadoludan çekilmesi ve Çelebi Mehmedin hükümdar oluşuna kadar, yaşanan taht kavgaları ve Fetret Devri ülkeyi zor durumda bırakmıştır. Yükselme devrinde tekrar huzura kavuşan Karesi güçlü donanmasıyla 1453te , Fethedilmesi Hz. Muhammed (Sav) tarafından müjdelenen İstanbul`un alınmasında önemli rol üstlenmiştir.

16. yyın başlarında ortaya çıkan kıtlık ve ekonomik buhran Anadolu genelinde olduğu gibi Kareside de etkili olmuştur. 1453-1504 arası yaşanan kıtlığın yanı sıra , büyük bir veba salgını sebebiyle büyük miktar nüfusun kırıldığı bilinmektedir. 1525 Tarihinde vuku bulan çekirge istilalısı, bozulan ekonomi ve tüm bu dönemin sonucu olarak ortaya çıkan Celali İsyanları Anadolu ve Karesi genelinde sosyo-ekonomik yapıyı derinden sarsmıştır. 15

Beylik topraklarının Orhan Gazi tarafından ilhak edilip, Oğlu Şehzade Süleymanı kente şehzade olarak tayin edişinden 1816ya kadar geçen süreçte Karesi, Anadolu Eyaletine bağlı sancak olarak kalmıştır. Anadolu Eyaletinin merkezi Kütahya olup, eyalet bu dönemde Hüdavendigar(Bursa), Saruhan(Manisa), Menteşe, Ankara, Aydın, Karahisar-ı Sahip(Afyon), Çankırı, Hamid(Isparta), Kastamonu, Bolu, Eskişehir ve Karesi sancaklarından oluşmakta idi.

1816’ya kadar Anadolu Eyaletine bağlı olan Karesi sancağı,1841’de Hüdavendigar Eyaleti’ne bağlamıştır. Hüdavendigar Eyalet’i bu dönemde , Karesi de dâhil olmak üzere sekiz Liva’dan oluşmaktaydı.

1841-1864 arası yıllarda yapılan düzenlemeyle Karesi müstakil eyalet olan Hüdavendigarın sekiz Livasından biri olmuştur.1864 yılına kadar Mutasarrıflıkla idare edilen şehir doğrudan merkeze yani Hüdavendigara bağlı idi.
1845 yılında kısa bir süre için Hüdavendigar’dan ayrılan Karesi, Aydından ayrılan Manisa ile merkez Manisa olmak üzere birleşip ayrı bir vilayet olmuşsa da bu durum kısa sürmüştür. Daha sonra Karesi tekrar Hüdavendigara; Manisada Aydına bağlanmıştır.16

1864 yılında çıkarılan ‘Teşkil-i Vilayet’ yasası ile eyaletler kaldırılıp “vilayet” sistemine geçilmiştir. Balıkesir bu dönemde sancak olarak Hüdavendigar vilayetine bağlanmıştır. Sonraki, 1881-1888 arası dönemde yeni bir düzenlemeyle Hüdavendigar Vilayetinden ayrılan Karesi bu kez müstakil vilayet olup bir Vali tarafından idare edilmeye başlanmıştır. Sekiz yıl kadar vilayet olan Karesi; 1808–1909 yılları arası Hüdavendigar’a bağlı sancak, 1909–1922 arası ise müstakil liva haline getirilmiştir.17 Osmanlı Devletinin son döneminde Balıkesir açısından önemli olaylar meydana gelmiştir. Bunlardan birincisi, “93 Harbi” olarak bilinen 1877-1878 Osmanlı Rus Savaşıdır. Tüm Anadoludan olduğu gibi Karesiden de çok sayıda kimse askere alınmış, bir çoğu da şehit düşmüştür. Osmanlı Devleti savaşın yükünü kaldırabilmek için ağır vergiler koymuştur. Kaybedilen topraklardan ve zulümden kaçan binlerce Türk ise Karesi`ye gelerek yerleşmiştir.

Yüzyılın sonlarında , 28 Ocak1898de vuku bulan deprem oldukça şiddetli olmuş, Çanakkale, Bursa ve İzmirden de hissedilmiştir. Yıkıcı depremden önce iki kez hafif şiddette meydana gelen depremler , halkın teyakkuzda olmasını sağlayarak can kaybının artmasını önlemiştir. Fakat maddi anlamda yük çok daha ağır olmuş; şehir merkezinde yer alan 4000 evin, 2146sı tamamen yıkılmış, 1999u tamire muhtaç hale gelmiştir. yalnızca 51 bina da hafif hasarlı olarak kayıtlara geçilmiştir.18

1914-1918 arası cereyan eden 1. Dünya Savaşına giren Osmanlı Devleti savaştan yenik çıkmış, İtilaf Devletleri ise bu durumu fırsat bilerek işgallere başlamışlardır. İzmirin İşgalinin ardından Ayvalıktan başlamak üzere Balıkesire gelmiştir. Tüm bu gelişmeler sonucu Balıkesir de bugün Kuvayı Milliye Müzesinde yer alan okuma salonu ve Alaca Mescidde toplantılar düzenlenerek Kuva-yı Milliyenin ilk kıvılcımı bu ibadethanede atılmıştır. Mustafa Kemal önderliğinde Yunan işgali durdurulmuş ve şehir 6 Eylülde düşman işgalinden kurtuluştur.
Cumhuriyet’in ilanı sonrası 1926 da Meclis tarafından alınan, “hanedanlara ait vilayet isimlerinin kaldırılması” kararı gereğince Karesi ismi değiştirilerek, yerine Balıkesir kullanılmaya başlanmıştır. Günümüze kadar il olarak gelen şehir, yaşanan tüm zorluklara rağmen, Osmanlı Devleti zamanında özellikle batı Anadolunun iskanında, İstanbulun alınmasında; Kurtuluş Savaşında Kuvayı Milliye`nin kuruluşu ve savaşta büyük önem taşıyıp; günümüzde ticaret ve ekonomisi ile Türkiye Cumhuriyeti için önde gelen şehirlerden biri olmaya devam etmektedir.